В SEO, как и в жизни, лучший выбор между стратегиями зависит от...

В SEO, как и в жизни, лучший выбор между стратегиями зависит от многих условий. Какую задачу вы хотите решить? Как сейчас все устроено (как устроен сайт)? Какой бюджет? Какая история? И т.д.

При выборе между поддоменом и подпапкой имейте в виду следующее:

- Поддомены могут помочь с региональностью в Яндексе, но также, из-за неуникальности могут стать причиной нелюбви к сайту от Google.

- Поддомен и домен легче держать одновременно в топе, чем две страницы одного домена.

- Поддомен хорош еще тогда, когда сайту нужно "несколько морд" (когда внутряков по вашим запросам нет в топе).

- Если поддомен залетит под фильтр, то это не распространяется на другие поддомены.

- На поддомен удобно выносить отдельный проект, который никак не вписывается в структуру текущего. Например, blog.twitter.com

С другой стороны:

- Подпапки позволяют аккумулировать хостовые факторы. Есть ряд примеров в сети, когда переезд с поддоменной структуры на подпапочную повышал органический трафик, и наоборот.

- Каждый поддомен, как отдельный хост, придется продвигать отдельно.

- С подпапками у сайта больше страниц, а значит больше квота на индексацию. Сайты с подпапками индексируются быстрее, чем сайты-поддомены.

- На зарубежном рынке структуру чаще разбивают на подпапки. Они смотрятся органичней.

Если вы взвесили все плюсы и минусы при выборе своих стратегий и по результатам все равно не можете решить, на чем остановиться, то в таких случаях я применяю простое правило. Выбирайте то, что будет на ваш взгляд более удобным для пользователей.